Benjamin Haley : cartographier la tumeur avant qu’elle ne résiste

Découvrez Benjamin Haley, professeur IVADO et professeur titulaire au Département d’ophtalmologie de l’Université de Montréal.

Chaque année, des patients atteints de cancer du poumon commencent un traitement ciblé avec des résultats initiaux prometteurs. Benjamin Haley connaît la suite : presque inévitablement, la tumeur développe une résistance et le médicament perd son efficacité. C’est ce moment qu’il cherche à devancer, pour que les cliniciens aient une longueur d’avance.

Titulaire de la Chaire FRQ en ingénierie génomique à l’Université de Montréal et chercheur au Centre de recherche de l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont, il dirige un laboratoire spécialisé dans les criblages génomiques à grande échelle. Son équipe utilise la technologie CRISPR pour perturber simultanément des millions de séquences génétiques dans des cellules cancéreuses et observer ce qui se passe, en particulier quelles mutations rendront un médicament inopérant avant même que le patient développe une résistance.

L’objectif concret : produire une carte prédictive des signatures mutationnelles associées à des médicaments ciblant le gène KRAS, impliqué dans les cancers du poumon et du pancréas. Ces signatures pourraient ensuite être détectées dans le sang d’un patient pour signaler l’apparition d’une résistance en temps réel et orienter un changement de traitement.

Ce travail aurait été techniquement possible il y a vingt ans, mais pas à cette échelle, ni à cette vitesse.

Benjamin Haley a passé plus de treize ans chez Genentech avant de rejoindre l’Université de Montréal en 2023. En industrie, les projets sont évalués tous les trois ou quatre mois : ils avancent ou ils sont abandonnés. Cette cadence élimine précisément les projets ouverts, ceux où l’hypothèse invalidée mène à quelque chose d’inattendu. C’est dans ces détours, dit-il, que se trouvent les découvertes les plus durables.

Son appartenance au département d’ophtalmologie, clinicien dominant, lui donne un accès direct aux médecins qui traitent des patients, certains avec des médicaments sur lesquels il a lui-même travaillé chez Genentech. Ce contact avec l’expérience clinique, qu’il n’avait jamais eu en industrie, oriente maintenant ses choix de recherche. C’est dans ce contexte que l’analyse de données et l’apprentissage automatique prennent tout leur sens.

Les criblages génèrent des milliers de résultats que les bases de données existantes, conçues pour des technologies plus anciennes, ne suffisent plus à interpréter. Le chercheur y voit un outil pour croiser des sources multiples, prioriser la littérature pertinente, et concevoir des expériences plus efficaces, avec l’ambition de multiplier par dix le nombre de criblages réalisés annuellement.

La prochaine étape consiste à transposer ces travaux des cultures cellulaires plates aux organoïdes, des structures tridimensionnelles qui reproduisent en laboratoire l’architecture d’un poumon, d’un intestin ou d’un œil. Plus les modèles ressemblent à la réalité biologique, plus la carte prédictive a des chances d’être juste au moment où un patient développe une résistance. L’enjeu reste le même : devancer la résistance, avant qu’elle devienne irréversible.

Titulaire d’un doctorat en sciences biomédicales de l’Université du Massachusetts et d’une bourse postdoctorale de l’Université de Californie à Berkeley, Benjamin Haley a passé plus de treize ans chez Genentech à diriger des équipes de recherche en oncologie, immunologie et neurobiologie, avant de rejoindre l’Université de Montréal en 2023 à titre de professeur titulaire au Département d’ophtalmologie.

C’est en industrie, en travaillant sur des programmes de vaccins contre le cancer à base d’ARNm et de thérapies à cellules T, qu’il a mesuré la distance qui sépare une découverte fondamentale d’un traitement qui atteint un patient. Une distance qu’il cherche maintenant à réduire, depuis le laboratoire.