Benjamin Haley : cartographier la tumeur avant qu’elle ne résiste

Découvrez Benjamin Haley, professeur IVADO et professeur titulaire au Département d’ophtalmologie de l’Université de Montréal.

Chaque année, des patients atteints de cancer du poumon commencent un traitement ciblé avec des résultats initiaux prometteurs. Benjamin Haley a remarqué une forte tendance pour la suite : presque inévitablement, la tumeur développe une résistance et le médicament perd en efficacité. C’est ce moment qu’il cherche à devancer, pour que les cliniciens aient une longueur d’avance et puissent intervenir.

Titulaire de la Chaire FRQ en ingénierie génomique à l’Université de Montréal et chercheur au Centre de recherche de l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont, il dirige un laboratoire spécialisé dans les criblages génomiques à grande échelle. Son équipe utilise la technologie CRISPR pour perturber des millions de séquences génétiques dans des cellules cancéreuses et observer ce qui se passe. Plus particulièrement, quelles mutations rendront un médicament inopérant avant même que le patient développe une résistance.

L’objectif plus spécifique : produire une carte prédictive des signatures mutationnelles associées à des médicaments ciblant le gène KRAS, impliqué dans les cancers du poumon et du pancréas. Ces signatures pourraient ensuite être détectées dans le sang d’un patient afin de signaler l’apparition d’une résistance en temps réel et permettre d’ajuster l’orientation du traitement.

Selon M. Haley, ce travail aurait été techniquement possible il y a vingt ans, mais jamais à cette échelle, ni à cette vitesse.

Il a passé plus de treize ans chez Genentech avant de rejoindre l’Université de Montréal. Il explique qu’en industrie, les projets sont évalués tous les trois ou quatre mois. Ils se poursuivent ou sont abandonnés. Cette façon de faire élimine les projets ouverts : ceux où l’hypothèse invalidée mène à quelque chose d’inattendu. C’est pourtant dans ces détours, croit-il, que se trouvent les découvertes les plus durables.

Son appartenance au département d’ophtalmologie lui donne un accès direct aux médecins qui traitent des patients, dont certains avec des médicaments sur lesquels il a lui-même travaillé chez Genentech. Ce contact avec l’expérience clinique, qu’il n’avait jamais eu en industrie, oriente maintenant certains de ses choix de recherche. C’est dans ce contexte que l’analyse de données et l’apprentissage automatique prennent tout leur sens.

Les criblages génèrent des milliers de résultats que les bases de données existantes, conçues pour des technologies plus anciennes, ne suffisent plus à interpréter. Le chercheur voit là un outil pour croiser des sources multiples, prioriser la littérature pertinente et concevoir des expériences plus efficaces avec l’ambition de multiplier par dix le nombre de criblages réalisés annuellement.

La prochaine étape consiste maintenant à transposer ces travaux des cultures cellulaires plates aux organoïdes : des structures tridimensionnelles qui reproduisent en laboratoire l’architecture d’un poumon, d’un intestin ou d’un œil. Plus les modèles ressemblent à la réalité, plus la carte prédictive a de chances d’être juste au moment où un patient développe une résistance. L’enjeu demeure toujours le même : devancer la résistance avant qu’il ne soit trop tard.

Titulaire d’un doctorat en sciences biomédicales de l’Université du Massachusetts et d’une bourse postdoctorale de l’Université de Californie à Berkeley, Benjamin Haley a passé plus de treize ans  à diriger des équipes de recherche chez Genentech en oncologie, immunologie et neurobiologie, avant de rejoindre le Département d’ophtalmologie de l’Université de Montréal en 2023 à titre de professeur titulaire.

C’est en industrie, en travaillant sur des programmes de vaccins contre le cancer à base d’ARNm et de thérapies à cellules T, qu’il a mesuré la distance qui sépare une découverte fondamentale d’un traitement pour un patient. C’est cette distance qu’il cherche maintenant à réduire depuis le laboratoire.